El Museo está ubicado en el predio del Hospital Nacional de Clínicas. Sus colecciones reúnen piezas que corresponden a patologías infrecuentes, patologías que ya no se presentan o aquellas que tienen una intensidad inusual.

Dispone de una colección de piezas de autopsias y piezas operatorias ordenadas por aparatos o sistemas. En cada uno de ellos se muestran las principales enfermedades. El Museo posee alrededor de 1200 piezas expuestas.