Es una institución de carácter técnico-científico, con objetivos educativos y culturales. Su misión es reunir, conservar, investigar y exhibir la cultura de las sociedades originarias pasadas y contemporáneas dentro de un marco actualizado crítico. 

Sus colecciones reflejan el patrimonio cultural de la región. Cuenta con una colección permanente distribuida en diferentes áreas: Arqueología Serrana (modos de vidas de sociedades cazadoras-recolectoras y agroalfareras de las Sierras Centrales de Argentina), Arqueología Andina (desarrollo cultural de las comunidades del Noroeste Argentino y los métodos, técnicas y formas de difusión de la Arqueología de principios del siglo XX), Mensajes en las Rocas (pinturas y grabados en aleros y cuevas de las Sierras Centrales), Excavación (réplica que muestra el modo cómo trabajan los arqueólogos en la actualidad), Patagonia indígena (modos de vida, costumbres y la relación con el hombre blanco de las comunidades indígenas de la Patagonia), Arte Textil Andino (características y significados de textiles arqueológicos y etnográficos de las culturas andinas) y Patrimonio Cultural (muestra quiénes vivieron en la casa donde funciona el Museo y la Córdoba de principios de siglo XX).