Albergado en la Manzana Jesuítica, reconocida como Patrimonio Cultural por la UNESCO, el Museo Histórico de la Universidad Nacional de Córdoba fue inaugurado en el año 2000. Se ubica en la planta baja del Claustro donde funciona la Universidad desde principio del siglo XVII y constituye un punto referencial para la divulgación de la historia universitaria. El Museo exhibe la Colección Jesuítica (primera biblioteca de la Universidad) junto con las colecciones de Elzeviranos, Incunables e impresos (Donación Ferrer Vieyra), Cartografía, Grabados y libros (Donación Juri) y la colección de maquetas de edificios coloniales de Córdoba.

 El edificio se convierte en un espacio significativo. Aquí nació la Universidad, la más antigua de la Argentina, y es posible revivir esta historia a través de los claustros, el patio con la estatua del Obispo Trejo, el primer escudo universitario, los muros originales y el Salón de Grado. Junto con la Iglesia de la Compañía de Jesús y el Colegio Nacional del Monserrat conforman la Manzana Jesuítica.