El Museo fue fundado el 6 de abril de 1871 por el geólogo alemán Alfred Wilhem Stelzner, quien fuera contratado durante la presidencia de Domingo F. Sarmiento en la Academia Nacional de Ciencias. Actualmente, el Museo cuenta con más de 3300 minerales y una amplia variedad de rocas, meteoritos, gemas y minerales fluorescentes.

Las colecciones guardan muestras de minerales y rocas e información de valiosos ejemplares de distintos países. Cuenta también con información sistematizada sobre el origen de los espacios minerales y sus propiedades físico-químicas, sus yacimientos, usos industriales y cotidianos.