Fue creado en 1932 por el Prof. José Lescano, quien trajo preparados desde París, como los referidos al desarrollo embriológico. Actualmente, por el número y relevancia de sus colecciones sobre Ginecología y Obstetricia, es el segundo en importancia del país.

Contiene aparatos e instrumentos antiguos utilizados desde su inicio por el Instituto de Maternidad y Neonatología una colección de documentos históricos. El Museo cuenta con preparados de piezas anatómicas patológicas formolizadas o parafinadas: piezas o moldes que representan órganos, desarrollo embriológico y óvulo humano.