El Museo tiene su origen en la misma fundación de la Facultad de Ciencias Médicas en 1877. La mayoría de las piezas que expone datan del periodo comprendido entre 1028 y 1969. El impulso y producción científica y técnica reflejada en sus colecciones corresponden al periodo 1925-1932.

Cuenta con preparaciones anatómicas humanas en las que se pueden observar y describir diferentes elementos y estructuras, tratadas con técnicas de parafinados, glicerinados y transparencias, entre otras.